La città di New York (e non solo) è nuovamente sotto minaccia. Le quattro tartarughe mutanti Michelangelo, Donatello, Raffaello e Leonardo, uniscono ancora le loro forze per scongiurare il peggio, aiutati dall'impavida giornalista April O'Neil.
After supervillain Shredder escapes custody, he joins forces with mad scientist Baxter Stockman and two dimwitted henchmen, Bebop and Rocksteady, to unleash a diabolical plan to take over the world. As the Turtles prepare to take on Shredder and his new crew, they find themselves facing an even greater evil with similar intentions: the notorious Krang.